Se cree que esta casa fue reformada con motivo del matrimonio de su hijo, Arias Maldonado con Juana Pimentel, hija del Conde de Benavente. La casa se modernizará tras esta reforma con algunos detalles renacentistas como la sustitución de algunos de los antepechos góticos de las ventanas por otros que en lugar de tracería gótica llevan láureas. También en este momento se decora el exterior con veneras heráldicas, símbolo del apellido Benavente y flores de lis, emblema de los Maldonado, en la crestería del patio. Hecho este que algunos autores interpretaron como un símbolo de amor. Las veneras se repiten sistemáticamente por todas las fachadas, dando lugar a la denominación de  "Casa de las Conchas".

     La fachada principal da a la calle Compañía, situándose enfrente de la clerecía. Originariamente llevaba en sus extremos dos torres de las que solo permanece la oriental, reducida en altura. Estas dos torres, según Gavilán Tomé, presentaban desplomes y grietas por lo que se desmontó parte del torreón existente y el otro quedó eliminado. Es posible que en estas mismas fechas, alrededor del año 1722, se abrieran las austeras ventanas superiores. Dos elementos enriquecen y caracterizan la fachada del palacio: las célebres conchas, cuyo tratamiento responde a gustos mudejarizantes de gran peso en el arte gótico final, y las ventanas, cerradas con arcos de graciosas curvas y antepechos góticos y renacentistas del entresuelo cuya autoría se atribuye a fray Francisco de Salamanca.

     El patio del edificio es de pequeñas dimensiones y se presenta descentrado con respecto a la puerta de acceso. Se compone de dos pisos: el bajo, con arcos de cinco centros sobre pilares y la galería superior, sobre columnas de mármol clásicas, traídas de Italia. Entre los arcos del piso inferior se pueden apreciar escudos colgando de una argolla que sujeta una cabeza de león envuelta en una láurea. Los restantes escudos aparecen entre láureas o sobre discos avenerados de marcado carácter renacentista. Bajo la crestería de remate se labran gárgolas. En este patio, al igual que en la fachada, se alternan soluciones góticas y renacentistas introduciendo piezas que llegan labradas desde Italia.

     Esta construcción, en el año 1529, poco después de que terminaran las obras, se destinará a casa de alquiler. En 1702, siendo propiedad del conde de las Amayuelas, fue ampliada por la calle de la Rúa con una amplia casa, obra de Pedro de Acosta. En la actualidad, tras ser objeto de una reciente restauración, alberga una biblioteca pública.